Ondanks de vele sterke punten heeft de Samsung Galaxy Z Flip6 ook enkele nadelen die niet over het hoofd mogen worden gezien. Zo is het opvouwbare ontwerp weliswaar innovatief, maar zorgt het ook voor een zekere fragiliteit. Hoewel Samsung veel aandacht besteedt aan duurzaamheid en het scharnier mechanisme, blijft een opvouwbare telefoon kwetsbaarder dan reguliere smartphones, vooral bij intensief dagelijks gebruik of wanneer het toestel per ongeluk valt.
De prijs ligt doorgaans hoger dan van vergelijkbare traditionele smartphones met vergelijkbare specificaties, waardoor de Flip6 niet voor iedereen toegankelijk is. Ook al biedt het toestel geweldige functies, voor sommige gebruikers zullen de extra kosten moeilijk te rechtvaardigen zijn, vooral als het opvouwbare design een gimmick blijft en minder vaak gebruikt wordt dan verwacht.
Daarnaast is het externe Flex Window, hoewel innovatief, niet voor iedere gebruiker even intuïtief of praktisch. Sommige apps ondersteunen dit externe scherm nog niet volledig, wat soms leidt tot een inconsistente gebruikservaring zonder open te klappen. Verder valt op dat de accuduur, ondanks een grotere batterij, bij intensief gebruik zoals gaming en videostreaming toch relatief snel afneemt, mede door het grote scherm en krachtige chipset.
Ten slotte ontbreekt in vergelijking met enkele concurrenten een officiële IP-certificering voor water- en stofbestendigheid, wat een mogelijke zorg kan zijn voor gebruikers die langdurig buiten of in wisselende omstandigheden hun telefoon gebruiken.
